اگرچه مقامات رسمی وجود چنین قابلیتی را رد کرده‌اند، اما کنترل آمریکا بر به‌روزرسانی‌های نرم‌افزاری و سیستم‌های پشتیبانی جنگنده‌های F-۳۵ یک واقعیت غیرقابل انکار است.
جنگنده‌های F-۳۵ وابسته به شبکه‌های اطلاعاتی و سامانه‌های تعمیر و نگهداری تحت کنترل آمریکا مانند ALIS و ODIN هستند که بدون دسترسی به آن‌ها، کارایی عملیاتی این هواپیماها به‌شدت کاهش می‌یابد. همچنین، داده‌های مأموریتی (MDF) که برای شناسایی اهداف و مسیرهای پرواز استفاده می‌شود، کاملاً تحت نظارت آمریکا قرار دارد و به‌روزرسانی آن‌ها توسط تیمی در پایگاه هوایی اگلین آمریکا انجام می‌شود.
این وابستگی موجب شده برخی مقامات اروپایی از احتمال کنترل عملیاتی جنگنده‌های خود توسط آمریکا در شرایط بحرانی ابراز نگرانی کنند. در حال حاضر، اسرائیل تنها کشوری است که اجازه دارد F-۳۵ را به‌صورت کاملاً مستقل اداره کند، اما سایر کشورها همچنان تحت مقررات سخت‌گیرانه واشنگتن قرار دارند .
