راهنماتو- هنگامی که این مکان در سال ۱۷۷۵ توسط ستوان «خوان مانوئل دی آیالا» کاوش شد، جزیره‌ای پوشیده از پوشش گیاهی اندک و زیستگاه پرندگان دریایی بود. او نام آنجا را Isla de los Alcatraces به‌معنای «جزیره‌ی پلیکان‌ها» گذاشت.
به گزارش راهنماتو، در سال ۱۸۴۹، این جزیره به دولت آمریکا فروخته شد و در سال ۱۸۵۴ نخستین فانوس دریایی در سواحل کالیفرنیا در آن ساخته شد. به‌تدریج ساختمان‌های بیشتری بر روی آن بنا شد و در سال ۱۸۵۹ نخستین گروه دائمی نظامی در آن مستقر گردید.
در سال ۱۸۶۱، جزیره به‌عنوان محلی برای نگهداری متخلفان نظامی تعیین شد. از جمله زندانیان آن می‌توان به ۱۹ سرخ‌پوست هوپی از منطقه‌ی آریزونا اشاره کرد که در برابر تلاش‌های دولت برای یکپارچه‌سازی فرهنگی مقاومت مسالمت‌آمیز کرده بودند، و نیز سربازان آمریکایی درگیر در جنگ فیلیپین که در سال ۱۹۰۰ به طرف فیلیپینی‌ها پیوستند. در سال ۱۹۰۷، این جزیره به عنوان شاخه‌ی پاسیفیک زندان نظامی ایالات متحده شناخته شد.
از سال ۱۹۳۴ تا ۱۹۶۳، آلکاتراز به‌عنوان یک زندان فدرال برای نگهداری خطرناک‌ترین مجرمان غیرنظامی مورد استفاده قرار گرفت. از معروف‌ترین زندانیان آن می‌توان به آل کاپون، جورج «ماشین‌گان» کلی و رابرت استرود (مرد پرنده‌ای آلکاتراز) اشاره کرد که داستان زندگی او الهام‌بخش فیلم معروف Birdman of Alcatraz در سال ۱۹۶۲ بود.
اگرچه زندان ظرفیت نگهداری ۴۵۰ زندانی را داشت، اما هیچ‌گاه بیش از ۲۵۰ زندانی در آن واحد در آنجا زندانی نبودند. تلاش برای فرار نادر بود، ولی چند مورد نیز رخ داد؛ هرچند مشخص نیست که آیا آن افراد توانسته‌اند از جریان‌های خطرناک آب خلیج جان سالم به در ببرند یا خیر. یکی از فرارهای معروف، الهام‌بخش فیلم Escape from Alcatraz (فرار از آلکاتراز) در سال ۱۹۷۹ شد.
در نهایت، به دلیل هزینه‌ی بالای انتقال آب شیرین به جزیره و خروج فاضلاب، این زندان در سال ۱۹۶۳ تعطیل شد.
در مارس ۱۹۶۴ گروهی از بومیان آمریکایی با استناد به یک معاهده‌ی سال ۱۸۶۸ با قبیله‌ی «سو» که به آن‌ها اجازه می‌داد زمین‌های بدون استفاده‌ی دولتی را مطالبه کنند، ادعای مالکیت بر جزیره را مطرح کردند. اما تنها چند ساعت در جزیره باقی ماندند. در نوامبر ۱۹۶۹ فعالان بومی، از جمله اعضای جنبش «جنبش سرخ‌پوستان آمریکا»، بار دیگر جزیره را اشغال کردند و خواستار واگذاری رسمی مالکیت آن شدند. این اشغال تا ژوئن ۱۹۷۱ ادامه یافت، زمانی که آن‌ها توسط مارشال‌های فدرال بیرون رانده شدند.
در سال ۱۹۷۲، جزیره‌ی آلکاتراز بخشی از منطقه‌ی تفریحی ملی دروازه‌ی طلایی (Golden Gate National Recreation Area) شد. اگرچه بیشتر سازه‌های آن در اثر گذر زمان دچار تخریب شده‌اند و چهار ساختمان (به جز فانوس دریایی) در آتش‌سوزی سال ۱۹۷۰ از بین رفتند، اما امروزه این جزیره به‌روی عموم باز است و به یکی از جاذبه‌های گردشگری محبوب سان‌فرانسیسکو تبدیل شده است.
